La Communauté d’agglomération du Grand Nord de Mayotte est administrée par un Conseil communautaire composé de représentants élus des quatre communes membres : Acoua, Mtsamboro, Bandraboua et Koungou.
Le Conseil communautaire se réunit au minimum deux fois par trimestre.
Les séances sont publiques.
À cette occasion, les élus communautaires débattent et se prononcent sur les projets présentés par le Bureau communautaire et les différentes commissions. Ils traitent les affaires courantes de la collectivité, votent le budget, et définissent la politique communautaire en matière d’aménagement, de développement économique, d’environnement ou encore de services à la population.
C’est également le Conseil communautaire qui élit en son sein le Président et les Vice-présidents. Ensemble, ils forment le Bureau communautaire, organe exécutif chargé de mettre en œuvre les politiques intercommunales dans leurs champs de compétences respectifs.
Les réunions se tiennent habituellement au siège de la Communauté d’agglomération du Grand Nord de Mayotte, à Bouyouni.
Le Conseil communautaire de la CAGNM est composé de 40 délégués, conformément aux statuts de l’intercommunalité. La répartition des sièges entre les communes membres est la suivante : Koungou compte 25 représentants, Bandraboua en désigne 9, Mtsamboro 4, et Acoua 2.
Chaque conseiller communautaire dispose d’une voix, quel que soit le nombre d’habitants de sa commune, garantissant ainsi une égalité dans la participation aux décisions.